JavaをWindows上で使うのはだからちょっとした障壁をクリアせねばなりません。この種の困難は「世界市場を独占するマイクロソフトへモノを言っているんだ」ぐらいのノリで立ち向かう必要があります。
ですからJavaでコンソールアプリってのはどうしても多少の困難を覚悟せねばなりません。コマンドライン処理など想定されていないわけです。
プロパティファイルで初期化パラメタを設定なる方法がありますが、昔ながらの伝統的スタイルを継承し、クラシックなノリでコマンドライン引数なるものを使うとプロパティなどというものを使わずまるでUnix/Linux/Gnuのコマンドのようなプログラムが書けます。
ここは外部ライブラリを使うのがオススメです。Apache Commons CLI を使う方法を示します。
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